Pete Wentz sinh ra tại tiểu bang Wilmette, Illinois là một vùng ngoại ô của Chicago. Anh là con trai của Dale Lewis - một nhân viên tư vấn tuyển sinh trường trung học và Pete Wentz II - một luật sư. Anh có một cô em gái tên Hillary và một người em trai là Andrew. Gia đình của mẹ ông di cư từ Jamaica. Ông ngoại của anh là người da đen Arthur Winston Lewis từng là Đại sứ Mỹ tại Sierra Leone. Anh em họ của anh - Arthur Winston Lewis là Tướng Colin Powell.

Cha mẹ của Pete Wentz gặp nhau trong khi vận động tranh cử cho Phó Tổng thống Joe Biden trong những năm 1970. Pete Wentz từng trả lời phỏng vấn tạp chí Rolling Stone rằng bài hát đầu tiên của mình được lắng nghe là "Build Me Up Buttercup" trong chiếc xe của cha mình. Wentz đã học tại trường Trung học New Trier và North Shore Country Day, nơi anh từng là là một cầu thủ bóng đá. Anh từng được coi là sẽ theo đuổi sự nghiệp chuyên nghiệp trong các môn thể thao như môn bóng đá, bóng chày, bóng rổ hay bóng bầu dục Mỹ. Tuy nhiên, quyết định theo đuổi ngành âm nhạc rõ ràng là một sự lựa chọn hoàn hảo hơn. Anh nói rằng: "Tôi luôn luôn có một cảm giác kì lạ khi chơi bóng. Nhưng lại không cảm thấy như một cuộc phiêu lưu. Âm nhạc là thứ có nhiều thách thức, chông gai và do vậy nó gây nên cảm giác thú vị hơn." - Pete chia sẻ về tình yêu âm nhạc của mình.

Trong năm đầu học trung học, anh trốn học thường xuyên và một nhân viên tư vấn học đã thuyết phục cha mẹ của Pete Wentz gửi anh đến trại huấn luyện cầm tù không thương tiếc. Trong thời gian này, Wentz đã bắt đầu viết những bài hát như là một cách để trút hết nỗi thất vọng của mình. Anh bắt đầu theo học đàn piano sau đó và đã thông qua một lối staingle edge. Sau khi tốt nghiệp trường cao đẳng vào năm 1997, anh đã tham dự Đại học De Paul - nơi anh theo ngành học khoa học chính trị, bỏ đi phần thi tốt nghiệp để tập trung vào sự nghiệp âm nhạc của mình.